Freud começou sua vida profissional como neurologista. Fez pesquisas neuroanatomicas, e escreveu três monografias sobre paralisia cerebral infantil. No inicio de sua carreira, atendeu pacientes, como neurologista.
No tempo de Freud, a neurologia ainda era uma disciplina relativamente nova e tinha incorporado da medicina interna o método anátomo-clínico, que consistia nos levantamentos dos sinais e sintomas clínicos, trabalhando neste método, Freud se deu conta de suas limitações.
Nesta época, os neurologistas estavam às voltas com algumas doenças como histeria, neurastenias, por exemplo, paralisias de membros – os patologistas nada encontravam nas autópsias para justificá-las. A escola francesa, tendo Charcot como figura central, atraiu a atenção de Freud, que foi fazer um estágio com ele, em1885-86, para tomar contato com o que também era método anátomo-clínico, mas que privilegiava os sinais e sintomas, obtidos na observação meticulosa. Esta postura de Charcot teve uma influência marcante em Freud, que passou a praticar essa modalidade de método clínico quando retornou a Viena, Freud interessou-se pelos pacientes histéricos e tentou trabalhar com a histeria fora da teoria neurológica, Charcot utilizava também a hipnose com o intuito de facilitar a lembrança de eventos perturbadores aparentemente esquecidos, método este seguido por Freud, mas suas considerações teóricas bem como a dificuldade que encontrou para hipnotizar alguns de seus pacientes, e ainda como concluiu que a hipnose levava a curas temporárias, descartou a hipnose em favor da associação livre.
Desviou sua atenção para uma aproximação puramente psicológica tanto na teoria quanto na prática, e criou a psicanálise. Para compreender a proposta metodológica da neuro-psicanálise é interessante esclarecer as razões pelas quais Freud, sendo neurologista, criou a psicanálise que, em essência, é um método psicológico para dar significados aos processos mentais sem, no entanto, perder o vínculo com a neurologia, e sem perder a esperança de que um dia a psicanálise voltaria a se unir à neurologia, quando esta tivesse alcançado um grau de desenvolvimento e oferecesse conhecimentos que faltavam naquela época. Entretanto continuou a acreditar que as neuroses estariam explicadas em termos biológicos
Atualmente, sabe-se do progresso da neurociência, mas será que esta investigação científica é capaz de definir a natureza da mente? Se abrirmos um cérebro veremos células nervosas, mas será que veremos um sentimento, uma idéia, uma emoção?. Portanto, em se tratando de mente é importante analisar tanto teorias psicológicas como teorias neurofisiológicas para descobrir as diferenças compatíveis e incompatíveis no intuito de descrever uma estrutura do funcionamento mental.
As relações entre a Neurociência e a Psicanálise são bastante complexas, necessitando de um estudo detalhado da metodologia e das teorias que se pretende articular.